Dies sind die Seiten zur Vorlesung Einführung in die angewandte Bioinformatik, die an der TU Dortmund im Sommersemester 2009 von Prof. Dr. Sven Rahmann gehalten wird.
Aktuell
03.07.2009
Die Lösungen zum Übungsblatt 10 sind jetzt verfügbar.
30.04.2009
Wir bieten Ihnen zusätzliche Hilfe und Beratung zu den R-Aufgaben.
Übungen
- Übungsblatt 1 (16.04.2009); dazu NC001143.fasta
- Übungsblatt 2 (23.04.2009)
- Übungsblatt 3 (30.04.2009)
- Übungsblatt 4 (07.05.2009); dazu klausur.dat
- Übungsblatt 5 (14.05.2009)
- Übungsblatt 6 (28.05.2009); dazu unbekannt.fasta und fragment.fasta
- Übungsblatt 7 (04.06.2009); dazu six_proteins.fasta
- Übungsblatt 8 (16.06.2009); dazu lba.phy
- Übungsblatt 9 (25.06.2009); dazu let7a.fa
- live aus Stockholm: Übungsblatt 10 (02.07.2009); dazu die Klausurwebseite
- Übungsblatt 10 mit Lösungen
Zusätzliche Hilfe und Beratung zu R
R für Windows können Sie hier herunterladen: http://mirrors.softliste.de/cran/bin/windows/base/
Jeden Mittwoch Nachmittag stehen zwei studentische Hilfskräfte (teilweise finanziert aus Studienbeiträgen) zur Verfügung, um Ihnen bei Fragen zu R zur Seite zu stehen:
Markus Kemmerling und Wolfgang Walz erwarten Sie Mi 15-17 Uhr in OH14, Raum 204 (Terminalpool, 2. Etage).
Änderung: Am Mi 01.07. fällt die Sprechstunde aus; statt dessen findet sie nach Absprache (mail an die mailingliste) am Fr 03.07. statt.
Alternativ können Sie jederzeit Fragen per E-Mail an ed.dnumtrod-ut.sc.stsil|oibegna#ed.dnumtrod-ut.sc.stsil|oibegna schicken!
Vorlesung
Die Vorlesung richtet sich an Studierende der chemischen Biologie im sechsten Semester.
Der Dozent ist Prof. Dr. Sven Rahmann, die Übungsgruppen werden betreut von Dipl.-Inform. Marcel Martin.
Die Vorlesung findet donnerstags von 12:15—14:00 Uhr in HS 3 (Gebäude Chemie) statt.
Vorlesungsfolien
- 16.04.2009: Organisation, Allgemeines zur Bioinformatik, Unix-Shell
- 30.04.2009: Datenbanken, Publizieren, Literatursuche
- 07.05.2009: Nukleotid-Sequenz-Datenbanken
- 14.05.2009: Protein-Sequenz-Datenbanken
- 28.05.2009: Sequenzähnlichkeit, Alignments und BLAST
- 04.06.2009: Multiples Alignment und Phylogenetik
- 18.06.2009: Algorithmik und Taxonomie und Phylogenetik
- Begleitend: Einführung in R (Stand:14.05.2009)
- Beispieldatei reads.qual (FASTA-ähnliches Format; 80 MB)
- Beispieldatei q.txt (Tabelle; 67 MB)
Planung
- 25.06.2009: Proteinstruktur (Sekundär-, Tertiärstruktur); Docking? RNA-Struktur
- 02.07.2009: Klausurübung! (ISMB, Stockholm)
- 09.07.2009: Microarrays (Gecco, Montreal)
- 16.07.2009: Netzwerke
- 23.07.2009: Fragestunde zur Klausur (nachmittags Klausur!)
