Dies ist eine Kopie der alten Seite zur Vorlesung, die im Sommersemester 2007 gehalten wurde
Vorlesung
Inhalt
Die Vorlesung richtet sich an Studenten der chemischen Biologie im sechsten Semester.
Dozent: Prof. Dr. Sven Rahmann
Folgende Themen werden behandelt:
- Biologische Literaturdatenbanken
- Protein- und Gendatenbanken
- Alignment von Proteinsequenzen
- Phylogenie
- Visualisierung von Proteinen
- Vorhersage von Proteineigenschaften
- Statistische Analyse mit der Software R
- Biochemische Netzwerke
Zeit und Ort
- Ort : Hörsäle ZE 01, ZE 02 und ZE 15 (siehe Tabelle unten bzw. Aushang)
- Zeiten (16.7. - 20.7.):
| 8:30 - 13:00 | 14:00 - 18:00 | |
| Montag | Vorlesung (ZE 02) | Übungen |
| Dienstag | Vorlesung (ZE 01) | Vorlesung (ZE 15) |
| Mittwoch | Übungen | Übungen |
| Donnerstag | Vorlesung (ZE 01) | Übungen |
| Freitag | Prüfung | Prüfung |
Folien und Materialien
Sie können die Vorlesungsfolien als PDF herunterladen:
1. Einführung
2. Literaturdatenbanken
3. Biologische Datenbanken
4. Sequenzanalyse
5. BLAST und CLUSTAL
6. Phylogenetik
7. Proteinstruktur
8. Microarray Analyse
9. Biologische Netzwerke
Prüfung
Am Freitag, den 20.7., finden die zum Scheinerwerb nötigen Prüfungen statt.
Die Einteilung in die Gruppen und die Prüfungszeiten finden sie hier
Übungen
Veranstalter: Michael Wurst, Udo Feldkamp
Die Übungen finden in zwei Gruppen statt. Die Einteilung erfolgt am ersten Vorlesungstag.
Zeit und Ort
- Ort: GB IV (Campus Süd), Raum 006 im Kellergeschoss.
- Zeiten:
| 8:30 - 13:00 | 14:00 - 16:00 | 16:00 - 18:00 | |
| Montag | Vorlesung | Übung Gruppe A | Übung Gruppe B |
| Dienstag | Vorlesung | Vorlesung | Vorlesung |
| Mittwoch | Übungen Gruppe A | Übung Gruppe B | Übung Gruppe B |
| Donnerstag | Vorlesung | Übung Gruppe A | Übung Gruppe B |
Übungsblatt
Sie können das Übungsblatt als PDF herunterladen.
Sonstige Materialien
Für die Aufgabe zur Phylogenie benötigen Sie folgende Datei mit fünf Proteinsequenzen:
Speichern Sie diese Datei in ihr homeverzeichnis.
Links
Allgemein
- National Center for Biotechnology Information (NCBI)
- European Bioinformatics Institute
- Bielefeld University Bioinformatics Server
Literaturdatenbanken
Gen- und Proteindatenbanken und Tools
- Nucleic Acids Research (NAR)
- NCBI BLAST
- ExPASy Proteomics Server
- RCSB Protein Data Bank (PDB)
- SRS Database
- PRINTS Database
- CATH Protein Structure Classification
- Entrez Cross-database Search
- World Wide Protein Databank
- The UCSC Genome Browser
- Pfam Protein Domains
- CLUSTAL
Phylogenetik
Biologische Netzwerke und Pathwayanalyse
Statistische Analyse mit R
- Hauptseite des R Projektes
- Ein englischsprachiges R Tutorial
- [http://www.math.ilstu.edu/dhkim/Rstuff/Rtutor.html Und noch ein weiteres Tutorial
